Филогенетические деревья, реконструированные разными способами

Построение дерева по алгоритму UPGMA

Было использовано выравнивание эталонное выравнивание:

* 2 0 * 4 0 * 6 0 * 8 0

A L K H _ H A E I N : I I E K L R E L K I V P V I A L D N A D D I L P L A D T L A K N G L S V A E I T F R S E A A A D A I R L L R A N R P D F L I A A G T V L T A E Q V V L A K S S G A D F : 8 3

A L K H _ S H I F L : A E S I L T T G P V V P V I V V K K L E H A V P M A K A L V A G G V R V L E V T L R T E C A V D A I R A I A K E V P E A I V G A G T V L N P Q Q L A E V T E A G A Q F : 8 3

A L K H _ Z Y M M O : I D S V M R L A P V M P V L V I E D I A D A K P I A E A L V A G G L N V L E V T L R T P C A L E A I K - I M K E V P G A V V G A G T V L N A K M L D Q A Q E A G C E F : 8 2

A L K D _ P S E P U : I D A I C E K A R I L P V I T I A R E E D I L P L A D A L A A G G I R T L E V T L R S Q H G L K A I Q V L R E Q R P E L C V G A G T V L D R S M F A A V E A A G A Q F : 8 3

A L K H _ B A C S U : V E N R L K E A K L I A V I R S K D K Q E A C Q Q I E S L L D K G I R A V E V T Y T T P G A S D I I E - S F R N R E D I L I G A G T V I S A Q Q A G E A A K A G A Q F : 8 2

6 6 p V 6 p a L G 6 E 6 T r 3 a a I p 6 g A G T V 6 a G a F

* 1 0 0 * 1 2 0 * 1 4 0 * 1 6 0

A L K H _ H A E I N : V V T P G L N P K I V K L C Q D L N F P I T P G V N N P M A I E I A L E M G I S A V K F F P A E A S G G V K M I K A L L G P Y A Q L Q I M P T G G I G L H N I R D Y L : 1 6 6

A L K H _ S H I F L : A I S P G L T E P L L K A A T E G T I P L I P G I S T V S E L M L G M D Y G L K E F K F F P A E A N G G V K A L Q A I A G P F S Q V R F C P T G G I S P A N Y R D Y L : 1 6 6

A L K H _ Z Y M M O : F V S P G L T A D L G K H A V A Q K A A L L P G V A N A A D V M L G L D L G L D R F K F F P A E N I G G L P A L K S M A S V F R Q V R F C P T G G I T P T S A P K Y L : 1 6 5

A L K D _ P S E P U : V V T P G I T E D I L E A G V D S E I P L L P G I S T P S E I M M G Y A L G Y R R F K L F P A E I S G G V A A I K A F G G P F G D I R F C P T G G V N P A N V R N Y M : 1 6 6

A L K H _ B A C S U : I V S P G F S A D L A E H L S F V K T H Y I P G V L T P S E I M E A L T F G F T T L K L F P S G V F G - I P F M K N L A G P F P Q V T F I P T G G I H P S E V P D W L : 1 6 4

6 3 P G 6 P G 6 6 m G K F P a e G g 6 6 k g p 5 q 6 f P T G G 6 p 5 6

* 1 8 0 *

A L K H _ H A E I N : A I P N I V A C G G S W F V E K K L I Q S N N W D E I G R L : 1 9 6

A L K H _ S H I F L : A L K S V L C I G G S W L V P A D A L E A G D Y D R I T K L : 1 9 6

A L K H _ Z Y M M O : E N P S I L C V G G S W V V P A G - - - K P D V A K I T A L : 1 9 2

A L K D _ P S E P U : A L P N V M C V G T G W M L D S S W I K N G D W A R I E A C : 1 9 6

A L K H _ B A C S U : R A G A G A V G V G S Q L G S C S - - - K E D L Q A V F Q V : 1 9 1

g g s w 1 6

А также построена матрица UPGMA.xls
Была создана книга, где была построена матрица "наивных" эволюционных расстояний между последовательностями выравнивания Эволюционное расстояние (D) величина D = 100 – P, где P — процент идентичности. Матрица попарных совпадений есть также на листе, названном "DISTANCES". Создана матрицу попарных эволюционных расстояний. Построено дерево. Скопирована матрица попарных эволюционных расстояний на новый лист "UPGMA". Выделено минимальное расстояние в матрице .После надписи "Шаг 1" и создана новая таблица, в которой ближайшие последовательности объединены в один кластер, а расстояния от нового кластера до каждой из оставшихся последовательностей — вычислены как среднее расстояние до объединенных последовательностей. Отмечено минимальное расстояние и процедуру повторялась до конца.

Скобочная структура получилась такая:

((((ALKH_BACSU:13.5,ALKD_PSEPU:13.5):1.5,ALKH_ZYMMO:15):0.5,ALKH_SHIFL:15.5):3.25,ALKH_HAEIN:18.75);

Рис.1
Рис.2

В итоге я получил два графических файла с помощью программ drawtree и drawgraм. Изначально скобочная запись этих деревьев не отличаеся, однако на первом рисунке мы видим нечто, похожее на солнце, то есть не видно корня. Два ребра, соединяющиеся одним узлом примыкают к третьему ребру с помощью еще одного ребра и узла - всего узлов 3. Есть подписи На втором рисунке информация более структурирована. тут отчетливо видны узлы, ребра и подписи.Отличие состоит в том, что программа drawtree выдает нам своего рода рисунок - а программа drawgram выдает диаграммированную схему. По моему мнению по рисунку 1 легче представлять себе реальнуюю картину, а по второму рисунку легче проследить эволюцию.

Дерево, построенное по методу ближайших соседей

Программа выдала следующую скобочную структуру:

( ALKH_HAEIN:0.32388, ( ( ALKH_SHIFL:0.21553, ALKH_ZYMMO:0.24801) :0.04235, ALKD_PSEPU:0.28546) :0.03624, ALKH_BACSU:0.38293);

Рис.3
Рис.4